Malene Kerzel har været ansat på Juridisk Institut siden 1995, hvor hun startede som Ph.d.-studerende.

Oveni professoratet er Malene Kerzel fra 1. februar ansat som studieleder på jura og er formand for studienævnet. Hun er desuden fagkoordinator i den skatteretlige forskningsgruppe.

Malene Kerzel har i en årrække skrevet artikler om grundlæggende skatteretlige emner, og hun er netop i gang med opdatere lære- og håndbogen Skatteretten 1 og 2, som benyttes som litteratur på jurastudiets kandidatuddannelse.

Hun er lovspecialist på en række skattelove i Karnovs Lovsamling og skal snart i gang med at udarbejde en kommenteret kildeskattelov.

Malene Kerzel har desuden i 10 år (indtil 2017) været generalsekretær i Nordisk Skattevidenskabeligt forskningsråd.